La sala de exposiciones temporales del MUSEO MEMORIA Y TOLERANCIA tiene como principal objetivo complementar, desarrollar, discutir, y verificar las temáticas de la memoria y la tolerancia además de profundizar en las vertientes que emanan de éstas: la discriminación y la intolerancia en todas sus manifestaciones así como los temas de género, migración y alteridad, entre otros.
Se presentan tanto exhibiciones artísticas como re-visitaciones a la historia y actividades paralelas, como coloquios, encuentros, mesas redondas, seminarios y cursos planteados en conjunto con el centro educativo del museo.
Actualmente se presenta la muestra " Nuestros cuerpos, nuestras vidas. Cuatro décadas por el derecho a decidir en México" (27 de noviembre de 2012 a Abril de 2013).
Esta muestra Propone el análisis y la reflexión sobre los prejuicios, estigmas y discriminación que sufren las mujeres que interrumpen su embarazo, al tiempo que visibiliza las irregularidades de las prácticas inseguras y las incongruentes consecuencias de la criminalización de las mujeres que toman esta decisión.
Rescata también las consignas y las exigencias de la lucha que propició la despenalización del aborto en el Distrito Federal en 2007, dedicando una importante sección a la educación sexual y a la información para la prevención de la interrupción del embarazo. La misma incluye instalaciones artísticas de la creadora mexicana Lorena Wolffer y de la argentina Ana Gallardo, así como los trabajos de las cineastas Maricarmen de Lara y Rosa Marta Fernández.
